El CPAMS se encuentra concentrado en el desarrollo de los siguientes programas de investigación:
- Programa de investigaciones en lagunas de altura.
- Programa de catastro arqueológico e histórico del sistema nacional de islas y puntas guaneras.
- Programa de Investigaciones de caletas y puertos coloniales / republicanos
- Proyecto de investigaciones y monitoreo de sitios arqueológicos cubiertos por embalses artificiales.
- Proyecto Paleopaisajes Sumergidos
- Ruta marítima de poblamiento peruano/sudamericano.
- Diagnostico y Catastro del patrimonio cultural costero en riesgo por el cambio climático.